O O CBAB é um Centro sem paredes, que utiliza a infraestrutura para a pesquisa em biotecnologia existente no Brasil e na Argentina, funcionando em três níveis de execução:

I - Político - por meio de um Conselho Binacional, formado pelas Seções Nacionais do Brasil e da Argentina, e pelo Diretor Binacional do Centro, com as atribuições de determinar políticas e prioridades, aprovar projetos de pesquisa e desenvolvimento e cursos de curta-duração. Compõem as seções nacionais representantes governamentais dos dois países.

Na Seção Nacional Brasileira estão representados os seguintes organismos:

• Ministério de Relações Exteriores
• Ministério de Ciência e Tecnologia
• Ministério do Planejamento Orçamento e Gestão
• Ministérios da Agricultura, Pecuária e do Abastecimento
• Ministério da Saúde
• Ministério do Meio Ambiente

Na Seção Nacional Argentina participam:

• Ministerio de Relaciones Exteriores y Culto
• Subsecretaría de Relaciones Internacionales Económicas
• Ministerio de Ciencia, Tecnología y Innovación Productiva
• Ministerio de Economía
• Ministérios setorias (agricultura e saúde)

II - Científico-Administrativo – pela Diretoria do Centro composta por um Diretor Binacional e pelos Diretores Brasileiro e Argentino, contando com a colaboração de um Comitê Assessor Binacional, composto por representantes da comunidade científica do Brasil e da Argentina, e o apoio de duas Secretaria Técnicas localizadas nos dois países.

III - Executivo - núcleos de pesquisa envolvendo universidades, instituições de pesquisa, e empresas dos dois países.