A Coordenação Geral de Gestão de Ecossistemas – CGEC – tem como missão subsidiar e acompanhar a implementação de programas estratégicos de pesquisa, projetos e atividades de fomento que visem à caracterização de elementos relevantes para o funcionamento dos ecossistemas, englobando o ambiente físico e biótico, a dinâmica temporal, espacial e social. Sua meta é a definição de políticas públicas em C,T&I para conservação e exploração sustentável dos recursos naturais. A CGEC coordena a implementação de diversos programas, estruturados em redes de pesquisa: Projeto de Grande Escala da Biosfera e Atmosfera na Amazônia (LBA); Rede Temática de Pesquisa em Modelagem Ambiental da Amazônia (GEOMA); Projeto Cenários para a Amazônia: Uso da terra, biodiversidade e clima; Redes de Pesquisas sobre os Ecossistemas do Pantanal; Rede de Pesquisas para o Uso Sustentável e Conservação do Cerrado (ComCerrado). Além dessas ações, a CGEC representa o MCT em vários grupos de trabalho e comissões sobre meio ambiente, ciência e tecnologia, com destaque para os Grupos de Trabalho Interministerial do Plano de Ação para Prevenção e Controle do Desmatamento da Amazônia (PPCDAM), o Conselho Nacional de Meio Ambiente (CONAMA), a Comissão Coordenadora do Programa Nacional de Florestas (CONAFLOR), a Comissão Nacional do Programa Cerrado Sustentável (CONACER), e a Comissão de Gestão de Florestas Públicas (CGFLOP).