A Coordenação-Geral de Acompanhamento e Avaliação para Pesquisa - CGAA tem por finalidade coordenar e supervisionar a implementação de políticas de recursos humanos técnico-científicos e de infra-estrutura física, destinados a laboratórios de instituições de pesquisas; elaborar; coordenar; assistir e implementar políticas e metodologias de acompanhamento e avaliação da execução técnica, gerencial e físico-financeira de programas, projetos e atividades. No âmbito do Programa de Apoio ao Desenvolvimento Científico e Tecnológico – PADCT, a CGAA coordena atividades de acompanhamento e avaliação, formulação de previsões orçamentárias, programação do desembolso financeiro e a prestação de contas.