A Coordenação-Geral de Apoio Técnico – CGAT  tem por finalidade coordenar e gerir a operacionalização, apoiar a elaboração dos planos de investimentos, monitorar e controlar a aplicação dos Fundos Setoriais, promover apoio técnico e logístico aos Comitês Gestores, estruturar e coordenar o funcionamento do Grupo de Apoio Técnico – GAT e apoiar a elaboração de termos de referências para contratação de estudos e consultorias.