Criada pelo Decreto n.º 4.724, de 9 de junho de 2003, que reestruturou o Ministério da Ciência e Tecnologia, a Subsecretaria de Coordenação das Unidades de Pesquisa (SCUP) está hoje subordinada à Secretaria Executiva do MCT. O Decreto n.º 5.886, de 06 de setembro de 2006, estabeleceu as seguintes competências para a SCUP:
I - propor, coordenar e acompanhar a execução de programas e projetos a cargo das Unidades de Pesquisa, visando ao fortalecimento da pesquisa científica e tecnológica brasileira;
II - promover, supervisionar e avaliar os Contrato de Gestão firmados entre a União e entidades qualificadas como Organizações Sociais, para a execução direta ou indireta, de programas e projetos de pesquisa científica e tecnológica, prestação de serviços tecnológicos e assessoria técnica ao Ministério;
III - promover, acompanhar e avaliar a execução dos Termos de Compromisso de Gestão (TCG), assinados a cada ano com as Unidades de Pesquisa;
IV - acompanhar, avaliar e apoiar a execução dos Planos Diretores das Unidades de Pesquisa e, onde couber, das Organizações Sociais supervisionadas pelo Ministério, e decorrentes de seus Planejamentos Estratégicos formulados;
V - coordenar, controlar e avaliar as atividades de execução orçamentário-financeira das Unidades de Pesquisa, em articulação com a Coordenação-Geral de Orçamento e Finanças;
VI - apoiar e acompanhar a execução de obras de engenharia e arquitetura no âmbito das Unidades de Pesquisa e dos projetos e das entidades qualificadas como Organização Social, onde couber, em articulação com a Coordenação-Geral de Recursos Logísticos; e
VII - promover, coordenar e acompanhar o Programa de Capacitação Institucional (PCI) das Unidades de Pesquisa.
Para a execução de suas atividades, a SCUP conta hoje com duas Coordenações-Gerais, a saber:
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