O Programa de Pesquisa em Biodiversidade – PPBio foi desenvolvido pela SEPED do MCT em consonância com os princípios da Convenção sobre Diversidade Biológica e com as Diretrizes da Política Nacional de Biodiversidade (Decreto 4.339 de 22/08/2002). O Programa foi oficializado pela Portaria MCT nº 268, de 18.06.2004, que define seu objetivo principal e seus quatro objetivos específicos, e modificado pelas Portarias MCT nº 382 de 15 de junho de 2005 e MCT nº 388 de 22 de junho de 2006.

O PPBio foi criado com o objetivo central de articular as competências regionais para que o conhecimento sobre a biodiversidade brasileira seja ampliado e disseminado de forma planejada e coordenada por meio de redes de pesquisa voltadas à identificação, caracterização, valorização e ao uso sustentável da biodiversidade. O PPBio tem quatro eixos de atuação, alavancados a partir de ações do PPA, para alcançar o objetivo central:

I) O apoio à implantação e manutenção de redes de inventário da Biota;

II) O apoio à manutenção, ampliação e informatização de acervos biológicos do país (coleções ex situ);

III) O apoio à pesquisa e ao desenvolvimento em áreas temáticas da biodiversidade;

IV) O desenvolvimento de ações estratégicas para políticas de pesquisa em biodiversidade.

O programa iniciou suas atividades na Região Amazônica, fortalecendo a atuação dos institutos do MCT na região, com a criação dos Núcleos Executores da Amazônia Ocidental, o Instituto nacional de Pesquisa da Amazônia -INPA e Oriental, o Museu Paraense Emílio Goeldi - MPEG. Posteriormente, o programa foi expandido para o semi-árido, mediante convênio firmado entre o MCT e a Associação Plantas do Nordeste - APNE, momento em que foi criado o terceiro Núcleo Executor, na Universidade Estadual de Feira de Santana – UEFS.

O PPBio está estruturado em três componentes (Coleções Biológicas, Inventários Biológicos e Projetos Temáticos) e tem contribuído para a gestão da informação, por meio da avaliação das coleções biológicas, do desenvolvimento de banco de dados e da manutenção de homepages com conteúdo educativo e científico; para a formação de recursos humanos, com a implantação de bolsas e do Programa Protax (Programa de Taxonomia), em parceria com o CNPq e a CAPES; para o estabelecimento de protocolos (15 protocolos biológicos e 4 ambientais foram gerados); para a realização de inventários (desenvolvido um método de inventário - RAPELD apropriado para a maioria dos animais e plantas); para a integração de grupos de pesquisa da Amazônia e Semi-Árido.

Em outubro/2009, foi lançado o Edital MCT/CNPq/PPBio Nº 60/2009, no valor global de R$ 9,5 milhões para o período de 2009 a 2011, com até 30% dos recursos destinados a bolsas, com o objetivo de fortalecer o Programa de Pesquisa em Biodiversidade – PPBio, por meio de apoio a projetos de pesquisa científica e tecnológica que possam contribuir para ampliação e disseminação do conhecimento sobre a biodiversidade brasileira. Como resultado, foram aprovadas três redes de pesquisa – uma na Amazônia Ocidental abrangendo oito projetos de pesquisa e seis instituições (INPA, UFAM, UNIR, UFMT, UFRR e UFAC); uma na Amazônia Oriental com seis projetos e cinco instituições (MPEG, UFOPA, UEMA, UNEMAT e UFT); e uma no Semi-Árido, com oito projetos e quatro instituições (UEFS, UESC, UFS e UFRN).