Alguns órgãos oferecem a possibilidade de financiamento integral ou parcial de atividades de projetos no âmbito do MDL.

A FINEP (Financiadora de Estudos e Projetos), empresa pública ligada ao MCT, oferece um Programa de Apoio a Projetos do Mecanismo de Desenvolvimento Limpo, o Pró-MDL, que financia o pré-investimento e o desenvolvimento científico e tecnológico de atividades de projeto no âmbito do MDL por meio de linhas de financiamento reembolsáveis e não-reembolsáveis (https://www.finep.gov.br/pro- gramas/pro_mdl.asp).

O Banco Nacional de Desenvolvimento Econômico e Social (BNDES) oferece uma linha de crédito para "estudos de viabilidade, custos de elaboração do projeto, Documentos de Concepção de Projeto (PDD) e demais custos relativos ao processo de validação e registro" (https://www.bndes.gov.br/ambiente/meio_ambiente.asp), além do Programa BNDES Desenvolvimento Limpo, que é um programa para a seleção de Gestores de Fundos de Investimento, com foco direcionado para empresas/projetos com potencial de gerar Reduções Certificadas de Emissão (RCEs) no âmbito do MDL.
(Português: https://www.bndes.gov.br/programas/outros/desenvolvimento_limpo.asp; Inglês:  https://www.bndes.gov.br/english/clean_development.asp).

Adicionalmente, a Caixa Econômica Federal conta com uma linha de crédito para o financiamento integral de atividades de projetos no âmbito do MDL em áreas como saneamento, bombeamento de água e pequenas hidrelétricas, por exemplo.