A partir de 2006, les nouvelles directrices de réduction de programmes du MCT ont entraîné une suppression du programme Changement Climatique et ses actions ont été intégrées aux programmes Sciences, Technologies et Innovation pour la Nature et le Climat ; et Gestion de la Politique de Sciences, Technologies et Innovation.

Le programme Sciences, Technologies et Innovation pour la Nature et le Climat s´est vu attribuer l´action de Recherche et Développement sur le Changement Climatique qui prévoit le développement d´études sur les facteurs d´émissions et sur les niveaux d´activités des secteurs afin d´améliorer l´élaboration de l´inventaire brésilien des émissions de gaz à effet de serre. Le programme prévoit également le développement d´études dans des domaines technologiques qui ont pour objectif l´atténuation des émissions de gaz à effet de serre ou le suivi de ces émissions. Il envisage des recherches pour le développement de modèles de circulation générale avec couplage océan-atmosphère. Le programme Sciences, Technologies et Innovation pour la Nature et le Climat est lié au Secrétariat de politiques et programmes de recherche et développement (SEPED) du MCT.

Le programme de Gestion de la Politique de Sciences, Technologies et Innovation s´est vu attribuer les autres actions auparavant déjà existantes dans le programme Changement Climatique : - l´inventaire national des émissions de gaz à effet de serre, qui prévoit l´élaboration périodique de l´inventaire annuel national des émissions de gaz à effet de serre et la réalisation d´études sur les facteurs d´émissions et les niveaux d´activité dans les secteurs de l´énergie, de l´industrie, de l´utilisation de solvants, agro-pastoral, de l´utilisation des terres, de changement d´affectation et de foresterie ainsi que de la gestion des déchets ; - la mise en oeuvre du Mécanisme pour un Développement Propre, qui prévoit d´analyser la contribution au développement durable des projets soumis à l´évaluation de la Commission Interministérielle du Changement Climatique au titre du Mécanisme pour un Développement Propre du Protocole de Kyoto, de donner les moyens aux institutions et spécialistes du thème du changement climatique, ainsi que de commander des études et de réaliser des visites techniques sur les lieux des projets approuvés par la Commission Interministérielle ; et - le fonctionnement de la Commission Interministérielle du Changement Climatique (action non incluse dans le budget), qui prévoit l´entretien des activités de la Commission Interministérielle du Changement Climatique, ce qui inclut la réalisation de réunions et la formation du Secrétariat Exécutif de la Commission.