A partir del año de 2006, con las nuevas directrices de reducción de programas en el ámbito del MCT, el programa Cambios Climáticos Globales fue extinto y sus acciones incorporadas por los programas Ciencia, Tecnología e Innovación para la Naturaleza y el Clima; y Gestión de la Política de Ciencia, Tecnología e Innovación.

Al programa Ciencia, Tecnologia e Innovación  para la Naturaleza y el Clima le tocó la acción de Investigación y Desarrollo sobre el Cambio Global del Clima que prevee el desarrollo de investigaciones y estudios en el sentido de obtener informaciones sobre factores de emisión y niveles de actividades de los sectores  para perfeccionar la elaboración del inventário brasileño de emisiones de gases de efecto invernadero; desarrollo de investigaciones y estudios en áreas de tecnología que busquen la mitigación de las emisiones de gases de efecto invernadero o el monitoramineto de esas emisiones; investigaciones para el desarrollo de un parámetro para modelos de circulación general con acoplamiento de la atmósfera y océanos. El programa Ciencia, Tecnología e Innovación para la Naturaleza y el Clima es vinculado a la Secretaria de Políticas y Programas de Investigación y Desarrollo (SEPED) de MCT.

Al programa Gestión de la Política de Ciencia, Tecnología e Innovación le tocaron las demás acciones existentes anteriormente en el programa Cambios Climáticos Globales, son ellas: Inventário nacional de emisiones de gases de efecto invernadero, que prevee la elaboración periódica del inventário anual nacional de emisiones de gases de efecto invernadero y la realización de investigaciones sobre factores de emisión y niveles de actividad en los sectores de energía, industria, uso de solventes, agropecuária, cambio en el uso de la tierra y bosques y tratamiento de residuos. Operacionalización del Mecanismo de Desarrollo Limpio, que prevee que sea viabilizada la evaluación, cuanto a la contribución para el desarrollo sustentable de proyectos sometidos a la apreciación de la Comisión Interministerial del Cambio Global del Clima, en el ámbito del Mecanismo de Desarrollo Limpio del Protocolo de Kyoto, la capacitación de instituciones y especialistas en el área de cambio global del clima, la contratación de estudios y la realización de visitas técnicas a los proyectos aprobados en el ámbito de la Comisión Innterministerial de Cambio Global del Clima (acción no presupuestária), que prevee el mantenimiento de las actividades de la Comisión Innterministerial del Cambio Global del Clima, lo que incluye la realización de reuniones y la capacitación de la Secretaria Ejecutiva de la Comisión.