A estratégia de execução baseia-se no estabelecimento de parcerias e na descentralização da execução das atividades. Quanto ao financiamento das atividades, a estratégia de execução foi fortemente baseada em recursos externos (GEF e USCS), tendo em mente uma transição gradual futura para uma maior participação de recursos nacionais na implementação do Programa.

Procurou-se, desde o início do Programa em 1996, um maior envolvimento de instituições e especialistas no Programa, quer seja na elaboração do inventário, quer seja na discussão dos temas relevantes para a negociação de compromissos e implementação da Convenção e do Protocolo de Quioto. No caso do inventário, houve 3 tipos diferentes de envolvimento: contratação de instituições e especialista com recursos do GEF/USCS, envolvimento de instituições federais por solicitação do MCT e adesão voluntária de empresas e associações de classe do setor privado.

Esses diferentes tipos de participação têm representado desafio gerencial em diferentes níveis. No caso de estudos contratados, há uma maior facilidade de exigência de produtos e prazos, o que não ocorre no caso de participação institucional por solicitação do MCT, no caso de empresas públicas e outros Ministérios, e no caso de adesão voluntária ao Programa.

Outro problema no caso de mudanças climáticas é o da percepção, correta e generalizada, pela sociedade de que o Brasil não é grande contribuinte ao aumento do problema do efeito estufa, o que torna difícil a implementação de estudos, pois o tema não é considerado prioritário ou importante. 

No caso do setor industrial, a adesão também é difícil pois a possibilidade de que haja compromissos do Brasil de limitação de emissões de gases de efeito estufa no futuro é encarada como ameaça para alguns setores que são grandes emissores de gases de efeito estufa e torna difícil o diálogo com o governo, visto como potencial regulador e fiscalizador das emissões de gases de efeito estufa no futuro. 

A execução do Programa não prescinde de parcerias que serão incentivadas e ampliadas, com atuação descentralizada e envolvimento dos parceiros-chave. A proposta básica para implementação do Programa consiste na manutenção e fortalecimento das parcerias existentes, aumentando a capacidade efetiva dessas instituições no tema, e estabelecimento de novas parcerias, em particular em novas áreas como a da saúde, com o envolvimento da Fundação Osvaldo Cruz; e, em especial, com os Estados e Municípios que, no caso do inventário, têm a responsabilidade, respectivamente, sobre tratamento de esgoto e lixo. No âmbito do próprio MCT, além do envolvimento da FINEP e do CPTEC/INPE que coordenam ações no Programa, há necessidade do desenvolvimento de um trabalho junto ao CNPq de indução de pesquisa em termos de estudos necessários ao inventário, baseando-se nos pontos que foram identificados durante a elaboração do mesmo e em que há falta de conhecimento no Brasil. A indução de pesquisa também poderá ser ampliada mediante parcerias com a FAPESP, FAPERJ, FAPEMIG, dentre outras, que devem ser incentivadas e ampliadas. 

Um último aspecto importante na implementação do Programa é a análise de interface do Programa de Mudanças Climáticas com outros programas do PPA. Há interfaces que precisam ser identificadas e deve ser iniciado um processo de diálogo com os gerentes de cada um dos projetos relacionados com mudança do clima para a busca de sinergia e parcerias. Por exemplo, a ação relacionada com vulnerabilidade na área de saúde devido ao aquecimento global é um exemplo que poderá ter interface significativa com programas que visem combater doenças contagiosas endêmicas, como malária e dengue, na área de saúde do Programa Avança Brasil. 

Em termos de financiamento das atividades, o Programa do PPA 2000/2003 inicia a transição gradual para a menor dependência de recursos externos, buscando maior autonomia e dinamismo. Deve-se ressaltar que, como há obrigatoriedade de que os custos incorridos na elaboração do inventário sejam pagos com recursos da entidade financeira da Convenção, haverá, obrigatoriamente, recursos externos disponibilizados pelo GEF. Há uma negociação preliminar com o GEF, através do PNUD como agente, para a obtenção de recursos no valor de US$ 3,000,000. Os recursos previstos no PPA são de cerca de R$ 1.400.000,00, dos quais cerca de R$ 300.000,00 através da FINEP (FNDCT) e R$ 100.000,00 alocados para o INPE/CPTEC.

Em virtude do reconhecimento internacional alcançado pelas ações, tanto no âmbito do inventário, reconhecido pelo próprio PNUD/GEF como o trabalho mais abrangente e com êxito dos projetos em países em desenvolvimento, bem como decorrente das posições de negociação em Quioto originadas da proposta brasileira, em particular a criação do MDL, são reais as possibilidades de obtenção de recursos externos, além daqueles que são obrigatoriamente fornecidos pelo GEF, em especial para desenvolvimento de estudos sobre o Mecanismo de Desenvolvimento Limpo, com propostas efetivas de cooperação internacional já expressas pelo governo da Suíça e do estado norte-americano de Nova Jersey.