Após encerrado o prazo de recebimento, a Agência Executora faz a análise da demanda de propostas, desenquadrando aquelas que não se conformam aos termos da convocação. Os proponentes devem estar cientes de que a sua proposta será enquadrada somente se constatado que os mesmos não têm nenhum impedimento para receber recursos públicos do Governo através de contrato, como estabelece a legislação pertinente.

Em se tratando de editais ou de carta-convite, as propostas de projetos são selecionadas e avaliadas segundo o princípio da competição aberta e universal, desde que considerados os critérios e prioridades estabelecidos pelo Fundo Setorial em questão. Outros tipos de ações poderão ser apoiadas de conformidade com o previsto nos documentos básicos das linhas de atuação, nos próprios editais de convocação ou outro instrumento utilizado para chamada de projetos.

Para auxiliar na avaliação do mérito das propostas, as Agências Executoras podem contar com especialistas ad hoc, selecionados entre aqueles com perfil técnico condizente com os termos requeridos na convocação.

Após o enquadramento e distribuição das propostas para os especialistas ad hoc, as Agências Executoras implementam os Comitês Assessores. Estes são formados por membro da comunidade científica, tecnológica e empresarial da área de atuação da demanda. Os Comitês Assessores são responsáveis pela análise do mérito técnico-científico, da capacidade de implementação dos proponentes, dos aspectos institucionais pertinentes e da adequação do orçamento e pela recomendação das propostas a serem implementadas com recursos do respectivo Fundo. As recomendações são encaminhadas para a agência respectiva, que providencia a contratação dos projetos, em função do volume de recursos disponíveis.