Atualmente há 16 fundos em operação, cada um com recursos próprios e exclusivos. Para obter informações detalhadas sobre cada um deles, acesse suas respectivas seções.

Fundo para o Setor Aeronáutico	CT-Aeronáutico
Fundo Setorial de Agronegócio	CT-Agronegócio
Fundo Setorial da Amazônia	CT-Amazônia
Fundo para o Setor de Transporte Aquaviário e Construção Naval	CT-Aquaviário
Fundo Setorial de Biotecnologia	CT-Biotecnologia
Fundo Setorial de Energia	CT-Energ
Fundo Setorial Espacial	CT-Espacial
Fundo Setorial de Recursos Hídricos	CT-Hidro
Fundo Setorial de Tecnologia da Informação	CT-Info
Fundo de Infra-Estrutura	CT-Infra
Fundo Sertorial Mineral	CT-Mineral
Fundo Setorial de Petróleo e Gás Natural	CT-Petro
Fundo Setorial de Saúde	CT-Saúde
Fundo Setorial de Transportes Terretres	CT-Transportes
Fundo Verde Amarelo	CT-FVA
Fundo Tecnológio para o Desenvolvimento da Telecomunicações (*)	Funttel

(*) O Funttel encontra-se no Orçamento do Ministério das Comunicações e não no FNDCT, como os demais.