Os Comitês Gestores dos respectivos Fundos estabelecem um calendário anual de atividades, contendo as previsões de lançamento de convocação de propostas. Estes calendários estão disponíveis nas páginas eletrônicas do CNPq, FINEP, MCT e são amplamente divulgados frente a usuários potenciais.

A participação se dá por meio da submissão de propostas de apoio financeiro, por ocasião do lançamento dos instrumentos de convocação. A convocação de propostas poderá ser feita de três maneiras distintas, dependendo do tipo de demanda em questão e das diretrizes e orientações dos Comitês Gestores: por meio de editais públicos, cartas-convite ou encomendas.

• Editais Públicos: Utilizados quando o Comitê Gestor define uma ou mais áreas temáticas ou setores estratégicos de interesse dos programas de pesquisa científica e tecnológica cooperativa entre universidades, centros de pesquisa e setor produtivo. A convocação das propostas será pública e serão selecionadas para apoio aquelas que melhor respondam às características especificadas.
• Carta Convite: Os Fundos poderão convidar instituições a apresentar propostas de projetos de pesquisa aplicada, desenvolvimento experimental e/ou engenharia não rotineira, com vistas à geração de produtos ou processos produtivos inovadores ou que contribuam para a superação de obstáculos ou acarretem inovações estratégicas para o setor considerado. Neste caso, a demanda não é induzida por editais públicos. As propostas apresentadas serão julgadas obrigatoriamente em duas etapas. A primeira etapa é a de pré-qualificação e, a segunda, a de avaliação.
• Encomendas: Em situações com características de urgência ou especificidade, o Comitê Gestor poderá encomendar o desenvolvimento de um projeto diretamente a uma instituição específica, de reconhecida competência. O Comitê Gestor poderá também encomendar a realização de estudos ou eventos estratégicos.