Os Fundos atendem a áreas diversificadas, mas têm características comuns em relação a sua operacionalização:
- Vinculação de receitas: os recursos não podem ser transferidos entre os fundos e são aplicados para estimular a cadeia do conhecimento e o processo inovativo do setor no qual se originam.
- Plurianualidade: pode-se programar o apoio a ações e projetos com duração superior a um exercício fiscal.
- Gestão compartilhada: os Comitês Gestores são constituídos por representantes de ministérios, das agências reguladoras, da comunidade científica e do setor empresarial.
- Fontes diversas: os recursos são oriundos de diferentes setores produtivos, derivados de receitas variadas, como royalties, compensação financeira, licenças, autorizações, etc.
- Programas integrados: os recursos podem ser utilizados para apoiar projetos que estimulem toda a cadeia de conhecimento, da ciência básica às aplicações e ao desenvolvimento, nas áreas vinculadas a cada fundo.
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