O CPP é uma Organização da Sociedade Civil de Interesse Público (OSCIP) criada em 2002 com o apoio do MCT. Esta OSCIP está estruturada e operacionalizada por meio de uma rede de pesquisa, integrada por instituições de ensino e pesquisas, públicas e privadas, dos estados de Mato Grosso e de Mato Grosso do Sul , em uma estrutura horizontal não competitiva. O CPP está integrado oficialmente à Rede Mundial de Centros de Pesquisas da Universidade das Nações Unidas, através do programa UNU-PREP, coordenado pela Universidade Federal do Mato Grosso.

Em julho de 2004, foi firmado o primeiro Termo de Parceria para apoiar o projeto “Consolidação das Redes de Pesquisa sobre os Ecossistemas do Pantanal" cujo objetivo principal é produzir informações científicas que possam embasar políticas públicas para dar sustentabilidade às duas cadeias produtivas mais tradicionais da região: a pesca e a pecuária.

Ainda em 2004, teve início o processo de criação de uma terceira rede de pesquisa. Foi assinado um Termo Aditivo ao Termo de Parceria para a implantação dessa rede, inicialmente designada como Alternativas Econômicas.

Em 2005, o Centro de Pesquisas do Pantanal implementou as redes de pesquisas de pesca e pecuária e formatou a terceira rede de alternativas econômicas, integrando mais de 100 pesquisadores do MS e MT, demonstrando sua capacidade de liderança na região. Em dezembro, dando prosseguimento a esta iniciativa foi firmado outro Termo de Parceria, incluindo definitivamente a terceira rede - Bioprospecção, com o objetivo de desenvolver um fitoterápico e um bioinseticida.

Este Termo de Parceria firmado entre o CPP e o MCT tem demonstrado, de forma contundente, que este tipo de parceria é um importante modelo a ser considerado pelos gestores públicos, na elaboração e execução de estratégias que visam a desconcentração dos recursos alocados para a C&T, ainda majoritariamente alocados no eixo sul-sudeste, além de constituir-se em excelente mecanismo para a formação de recursos humanos para o bioma e contribuição nas políticas públicas da região.