O Programa Temático de Arranjos Produtivos Locais se implementará por meio dos instrumentos das agências executoras FINEP e CNPq (editais, carta convites, encomendas etc.), vinculadas ao MCT, e através de execução direta da SECIS/MCT (convênios, termos de parceria ou de cooperação etc.). Poderão ser alvo de apoio de nesse programa projetos cooperativos que tenham como função a resolução de gargalos inovativos e tecnológicos que resultem em aumento de competitividade dos APLs.