A Coordenação-Geral das Unidades de Pesquisa (CGUP) tem por finalidade acompanhar as avaliações gerais das unidades de pesquisa, em seus vários níveis; negociar, pactuar, acompanhar e avaliar os Termos de Compromisso de Gestão (TCG) assinados pelas unidades de pesquisa com o Ministério; acompanhar a execução das Ações das unidades de pesquisa estabelecidas no Plano Plurianual; coordenar os esforços de prospecção técnica no âmbito de atuação da Subsecretaria de Coordenação das Unidades de Pesquisa (SCUP); analisar e encaminhar os processos de afastamentos do País dos servidores das unidades de pesquisa; coordenar e acompanhar as iniciativas de Cooperação Internacional no âmbito das unidades de pesquisa; coordenar o Programa de Capacitação Institucional (PCI) das unidades de pesquisa e entidades vinculadas ao Ministério; apoiar e acompanhar as ações relacionadas à inovação e à propriedade intelectual nas unidades de pesquisa; apoiar e acompanhar a elaboração e execução do Planejamento Estratégico das unidades de pesquisa; e executar outras competências que lhe forem cometidas, no seu campo de atuação.