Os Fundos Setoriais, pela sua natureza, são voltados para o desenvolvimento tecnológico, e atuam, fundamentalmente, orientando e apontando ações que possam estimular o desenvolvimento científico e tecnológico nos setores considerados, mediante o apoio financeiro a programas de pesquisa científica e tecnológica cooperativa entre universidades, centros de pesquisa e centros tecnológicos.

Para participar dos mecanismos de apoio instituídos pelos fundos, os interessados devem, fundamentalmente, estar inseridos neste contexto, seguir as regras gerais de operação e as específicas de cada edital ou chamada.