Les débats de la CP et des organes subsidiaires sont gouvernés par des règlements intérieurs écrits. Cependant, la CP n'a pas formellement adopté ses règlements intérieurs, du fait des différences d'opinion sur la règle de vote pour la prise de décision. Les discussions se poursuivent pour essayer de trouver un compromis. Comme toutes les autres règles sont acceptées, le Projet de règlement intérieur  est "appliqué" à chaque session, faisant exception de la règle sur le vote.

Comme il n'y a pas accord sur la règle de vote, presque toutes les décisions doivent être adoptées par consensus. Le consensus est habituellement interprété comme acquis lorsqu'il n'y a pas d'objection affirmée à une décision, ce qui diffère de l'unanimité. Par exemple, une Partie peut choisir de ne pas faire une objection formelle à une décision, mais demander que ses préoccupations soient consignées dans le rapport de session.

Cependant, le texte de la Convention peut être amendé par un vote de majorité des trois-quarts, s'il se révèle impossible d'atteindre le consensus. C'est la Convention elle-même qui inclut cette règle. Une fois qu'un amendement a été adopté, il doit être ratifié par les trois-quarts des Parties avant d'entrer en vigueur. Aucun amendement à la Convention n'a encore été adopté.

La procédure est similaire pour l'amendement d'annexes à la Convention. Cependant, ces amendements n'ont pas besoin d'être ratifiés et entrent en force automatiquement, sauf pour les Parties qui déposent une objection écrite. L'Annexe I a été amendée à la CP 3, par consensus, et les noms de la Croatie, du Liechtenstein, de Monaco et de la Slovénie ont été rajoutés, tandis que la Tchécoslovaquie a été remplacée par la République Tchéque et par la Slovaquie. L'amendement est entré en vigueur le 13 août 1998.

Il n'y a pas de règle dans la Convention pour l'adoption de protocoles. Donc, en l'absence d'une règle acceptée sur le vote, ceux-ci doivent être adoptés par consensus et définissent leurs propres procédures d'entrée en vigueur. Le Protocole de Kyoto a été adopté de cette façon à la CP 3.

Le Projet de règlement intérieur formule les règles générales pour débattre et négocier. Une règle importante est que les débats des réunions formelles doivent être interprétés dans les six langues de l'ONU (anglais, arabe, chinois, espagnol, français et russe). Les délégués peuvent parler seulement lorsque le Président leur a donné la parole, et un quorum de deux-tiers des Parties doit être atteint pour qu'une décision soit prise. Les règles couvrent aussi le projet et l'adoption de l'ordre du jour ainsi que la participation des observateurs (voir ci-dessus la section sur les observateurs).

Le Protocole de Kyoto appliquera les règles de procédure de la Convention, à moins que ses Parties n'en décident autrement par consensus. Comme la Convention, le Protocole déclare que les amendements à son texte peuvent être adoptés par un vote à la majorité des trois-quarts si le consensus n'est pas possible. Cependant, contrairement à la Convention, les amendements aux Annexes A et B du Protocole (énumérant respectivement les gaz à effet de serre couverts par le Protocole et les objectifs d'émission des Parties) peuvent entrer en force seulement après la ratification des trois-quarts des Parties. De plus, tout changement à la liste des Parties de l'Annexe B doit être approuvé, par écrit, par la Partie concernée.