Os projetos podem ser apresentados nas seguintes modalidades:

• Induzida, quando é feita uma convocação pública;
  
  
• Encomendada, quando o Conselho Gestor encomendar o desenvolvimento de um projeto diretamente a uma instituição específica; e
  
  
• Espontânea, quando as instituições apresentam projetos por iniciativa própria.

O Comitê Gestor estabelecerá as prioridades para a alocação de recursos do FUNTTEL, mediante definição de áreas temáticas relevantes para a concentração de esforços pelas instituições de pesquisa, que abrangerão a utilização de recursos reembolsáveis e não reembolsáveis.